เนื่องจากสาเหตุหลักของมะเร็งปากมดลูกเกิดจากการติดเชื้อไวรัส HPV ดังนั้นจึงมีการพัฒนาวัคซีนเพื่อป้องกันการติดเชื้อไวรัส HPV ขึ้น ซึ่งองค์การอนามัยโลก (World Health Organization ; WHO) แนะนำให้วัคซีน HPV เป็นส่วนหนึ่งของวัคซีนพื้นฐานสำหรับประเทศที่มีงบประมาณเพียงพอ
สำหรับประเทศไทย กระทรวงสาธารณสุขได้ผลักดันให้การฉีดวัคซีน HPV เป็นนโยบายประเทศ โดยกลุ่มเป้าหมายของการฉีดวัคซีน HPV คือ เด็กผู้หญิงที่กำลังเรียนอยู่ประถมศึกษาปีที่ 5 ปัจจุบันมีกลุ่มเป้าหมายประมาณ 4 แสนคนทั่วประเทศ
ซึ่งโดยทั่วไปการฉีดวัคซีนสามารถการป้องกันโรคได้ 70-90%
สำหรับข้อควรระวังในการฉีดวัคซีน ได้แก่ ไม่ควรฉีดวัคซีนในช่วงเจ็บป่วยหรือมีไข้สูง และเพิ่มความระมัดระวังในผู้ที่มีปัญหาเลือดหยุดยาก
อย่างไรก็ตามการฉีดวัคซีนยังไม่สามารถป้องกันการติดเชื้อไวรัสได้ทั้งหมด ผู้ที่ฉีดวัคซีนแล้วยังคงต้องหลีกเลี่ยงปัจจัยเสี่ยงต่าง ๆ ที่เป็นสาเหตุของมะเร็งปากมดลูก อีกทั้งยังจำเป็นต้องตรวจคัดกรองมะเร็งปากมดลูกควบคู่ไปด้วยเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการป้องกันโรคให้ได้มากที่สุด
